Aujourd'hui, la zone de l'ancienne gare ferroviaire sert de site d'installation principal pour l'ensemble du chantier. En plus des bureaux temporaires, d'équipements et d'un atelier improvisé sous le pont autoroutier, on y trouve également une centrale à béton. Grâce à elle, les besoins en béton projeté sont couverts de manières autonomes. Par jour, près de 200 mètres cubes de béton sont distribués quotidiennement sur les différents sites grâce à des bétonnières.

Les deux tunnels, le Tunnel des Loges (3259 mètres de long qui arrive depuis Neuchâtel) et le Tunnel du Mont-Sagne (1352 mètres de long qui arrive depuis La Chaux-de-Fonds) se croisent à cet endroit. Les portails se font face de chaque côté de la gorge. Dans ces deux tunnels, un assainissement minimal sera effectué, l'accent est mis sur une mise à niveau vers les gabarits et normes de sécurité des CFF. Dans une première phase entre septembre 2020 et fin février 2021, les travaux n'ont pu être réalisés que la nuit, les opérations ferroviaires normales étant maintenues pendant la journée. Dans cette phase, une composition de train spécialement conçue pour ce projet a été utilisée, les travaux de fraisage ont notamment été effectuées grâce à un wagon spécialement conçu pour l'occasion pour éliminer les emplacements des sous-profils. Toujours à partir du train, le revêtement en moellons existant a été fixé à l'aide d'ancres. Les portails du tunnel à Les Convers ont en majorité pu être laissé dans leur état original grâce à l'ajout d'ancres additionnelles. 

Depuis début mars 2021, le projet est entré dans sa seconde phase et la ligne ferroviaire est complètement interrompue jusqu'au 1er novembre 2021. Dans le Tunnel des Loges, six niches ont d'abord été dynamitées. Cela permet d'assurer que les machines de construction puissent se croiser dans le tunnel étroit. Dans certaines parties des deux tunnels, les voies et les gravillons ont pu être retirés pour cette phase de construction. Dans d'autres parties, une piste praticable pour les machines de construction a été réalisée. Les voies situées en dessous ont été protégées par des tuyaux en PVC et un géotextile pour une réutilisation ultérieure. Actuellement, plusieurs équipes, en opération continue (24 heures, sept jours), poursuivent les travaux principaux d'élargissement des tunnels.

Le revêtement en moellons existant des tunnels a dû être cassé et éliminé. Pour finir, la voute du tunnel va être reconstruite en béton projeté et, où c'est nécessaire, avec des armatures grillagées. En outre, un espace sera créé pour la future issue de secours et les nouvelles banquettes latérales en béton. L'étroitesse des tunnels, les nombreuses zones de failles géologiques, ainsi que le temps pluvieux de cette année, qui a occasionné le passage de beaucoup d'eau karstique dans les tunnels, font de ce travail un véritable défi.