​Le projet prévoyait ainsi de recouvrir le fond lacustre avec une natte en fibre de coco puis avec une couverture supplémentaire en gros gravier sur une épaisseur de 30-40 cm. Une digue brise-vague en enrochements était aménagée afin de permettre de stabiliser le recul du rivage. Des souches y étaient intégrées afin de créer des habitats et abris pour les alevins. Ces mesures visent à protéger et à préserver le site archéologique de la meilleure façon possible, de manière durable et écologique.

La mise en place de ces mesures de protection contre l'érosion a été réalisée par les professionnels du génie hydraulique de Marti Arc Jura. «Nous avons procédé en trois étapes», explique Maximilien Vidal, conducteur de travaux lacustres et hydrauliques. Dans un premier temps, nous avons construit la digue en enrochements près de la rive avec des enrochements calcaires de 500-1'000 l pour une masse totale de 440 t et 120m de long. Puis nous avons déposé à l'arrière de la digue du gravier 0-60 pour protéger la forêt et favoriser le développement d'une végétation de rivage.

​Ensuite, sur une superficie d'environ 10'000 m², le fond du lac a été recouvert de granulat rond (50-150 et 50-600). Chaque jour, près de 150 m³ de gros gravier étaient ainsi mis en place sur le fond lacustre. Ces matériaux, en provenance du lac de Neuchâtel, étaient acheminés par voie fluviale.

Une des grandes difficultés était de ne pas endommager, ni même toucher, le fond du lac situé dans la zone protégée. Normalement, on stabilise les pontons – les plateformes de travail des hydrauliciens – avec des pieux métalliques directement plantés dans le sol. Ce n'était pas possible dans cette configuration car il y avait des risques d'endommager des vestiges archéologiques. L'équipe a donc eu recours à un système techniquement sophistiqué, en équipant les pontons avec d'imposants treuils à câble. Les câbles étaient reliés à des pieux métalliques précédemment mis en place en dehors de la zone de protection UNESCO par les équipes de Marti Arc Jura. Les pontons pouvaient ainsi se déplacer ou s'immobiliser en utilisant ces treuils soudés directement sur les structures des pontons. Sans cette opération d'arrimage, les travaux avec une pelle hydraulique auraient été impossibles. «Non, repositionner ces pontons n'était pas rapide, mais c'était la solution la plus efficace dans ce cas précis», sourit Maximilien Vidal. Les travaux en génie hydraulique sont tout sauf une affaire de vitesse. Tout est grand et lourd, les mouvements des machines et des pontons doivent intervenir sans à-coups, et les manœuvres être bien anticipées et précises.

​Deux pontons ont été utilisés pour effectuer les travaux de remblayage. Sur le premier, le ponton de travail, on trouvait les machines et l'infrastructure utilisée par l'équipe hydraulique. Il accueillait notamment une imposante pelle hydraulique à long bras, équipée d'un GPS 3D permettant de garantir la précision requise par ce travail. Le second ponton servait à alimenter la pelle hydraulique en graviers. Le tirant d'eau des deux pontons devait impérativement être très faible, car la zone était très peu profonde, et le niveau du lac baissait de jour en jour. La charge des pontons était calculée avec précision, et dans certains cas, seul le transport de faibles quantités était possible, sans quoi les pontons se seraient échoués. Cette opération de transport intermédiaire avec le ponton était nécessaire, car les chalands de transport ne pouvaient pas livrer le gravier directement sur le site des travaux en raison de leur tirant d'eau importants. Ces derniers s'amarraient donc contre la ceinture de pieux, en extérieur du site. Le matériel était transféré sur le ponton de transport par tapis roulant. Ensuite, le ponton de transport était tiré, tracté, vers le ponton de travail et l'opérateur de la machine déposait le matériau sur le fond du lac.

Les travaux ont pu se terminer début novembre, après environ deux mois d'efforts. Les collaborateurs de Marti Arc Jura peuvent désormais se targuer d'avoir contribué à la préservation d'un site classé au patrimoine mondial de l'UNESCO.