Ensuite, sur une superficie d'environ 10'000 m2, le fond du lac a été recouvert de granulat rond (50-150 et 50-600). Chaque jour, près de 150 m3 de gros gravier étaient ainsi mis en place sur le fond lacustre. Ces matériaux, en provenance du lac de Neuchâtel, étaient acheminés par voie fluviale.
Une des grandes difficultés était de ne pas endommager, ni même toucher, le fond du lac situé dans la zone protégée. Normalement, on stabilise les pontons – les plateformes de travail des hydrauliciens – avec des pieux métalliques directement plantés dans le sol. Ce n'était pas possible dans cette configuration car il y avait des risques d'endommager des vestiges archéologiques. L'équipe a donc eu recours à un système techniquement sophistiqué, en équipant les pontons avec d'imposants treuils à câble. Les câbles étaient reliés à des pieux métalliques précédemment mis en place en dehors de la zone de protection UNESCO par les équipes de Marti Arc Jura. Les pontons pouvaient ainsi se déplacer ou s'immobiliser en utilisant ces treuils soudés directement sur les structures des pontons. Sans cette opération d'arrimage, les travaux avec une pelle hydraulique auraient été impossibles. «Non, repositionner ces pontons n'était pas rapide, mais c'était la solution la plus efficace dans ce cas précis», sourit Maximilien Vidal. Les travaux en génie hydraulique sont tout sauf une affaire de vitesse. Tout est grand et lourd, les mouvements des machines et des pontons doivent intervenir sans à-coups, et les manœuvres être bien anticipées et précises.