Peu avant la percée au portail Appia, le creusement a dû être interrompu à cause d'une infiltration d'eau d'une ampleur inattendue. Dans un premier temps, il n'a pu être repris en raison d'une zone aquifère. Pour résoudre ce problème, il a fallu construire un bassin étanchéifié par injection pour évacuer l'eau, ce qui a nécessité beaucoup de temps et de travail.
Entretemps, le creusement par attaque en calotte avec voûte parapluie et béton projeté a démarré au portail Colovrex. Pour étayer la calotte et contrecarrer les forces du terrain, des butées massives ont été bétonnées dans les deux galeries latérales. L'apparition incessante de perturbations géologiques et l'hydrogéologie exigeante et délicate ont régulièrement interrompu les travaux de creusement. A plusieurs reprises, des zones ont dû être sécurisées avec des mesures d'urgence et le sol consolidé au moyen d'injections hybrides. A partir de mars 2021, l'on a pu démarrer le contre avancement à partir du portail Appia, une fois que les galeries là-bas avaient été achevées. Et maintenant, en octobre 2021, a eu lieu le percement libératrice.